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長鏈非編碼RNA與mRNA在胰腺癌中的差異表達(dá)及其預(yù)后價(jià)值

作者:魏超; 張曉; 高杰 東南大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院; 江蘇南京210009

摘要:目的:對(duì)基因芯片表達(dá)匯編(GEO)數(shù)據(jù)庫和癌癥基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)庫中的胰腺癌數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)與mRNA在胰腺癌中的差異表達(dá)和預(yù)后價(jià)值。方法:首先對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫中的胰腺癌數(shù)據(jù)注釋獲得mRNA和lncRNA,并對(duì)芯片中的mRNA和lncRNA取交集獲得差異mRNA和lncRNA。然后對(duì)差異mRNA和lncRNA進(jìn)行基因分析,同時(shí)對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫中胰腺癌的相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行生存分析。結(jié)果:通過基因分析獲得與胰腺癌相關(guān)可信度高的差異mRNA 1147個(gè),lncRNA 336個(gè),通過基因本體(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)分析,構(gòu)建lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)、lncRNA-mRNApathway網(wǎng)絡(luò)、信號(hào)通路關(guān)系網(wǎng)絡(luò)及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),結(jié)果證明mRNA和lncRNA對(duì)胰腺癌的發(fā)生發(fā)展有著重要影響;生存分析發(fā)現(xiàn)有12個(gè)lncRNA與胰腺癌的預(yù)后相關(guān),分別是ATP1A1-AS1、CBR3-AS1、CTD-3080P12.3、FAM66D、FAM87A、FLJ38576、LINC00476、LINC00574、LINC01554、PYY2、LINC00857、OVOL1-AS1。結(jié)論:lncRNA對(duì)胰腺癌的發(fā)生發(fā)展及預(yù)后有顯著影響,有望為胰腺癌的靶向治療和預(yù)后評(píng)估提供新的治療靶點(diǎn)和分子標(biāo)志物。

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癌變畸變突變

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