摘要:人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是導(dǎo)致兒童急性呼吸道感染的最重要的呼吸道病毒之一。根據(jù)對單克隆抗體的反應(yīng),HRSV分為A、B兩個亞型。為探討嚴(yán)重急性呼吸道感染(Severe acute respi-ratory infection,SARI)病例中HRSV全基因組基因特征,本研究對2017年河南省漯河市住院SARI病例中檢測到的1株HRSV A亞型病毒通過Sanger測序方法對其全基因組序列進(jìn)行了測定和分析。通過Sequencher 5.4.5、MEGA 5.05、BioEdit 7.0.5等生物信息學(xué)軟件進(jìn)行序列拼接和比對,進(jìn)行了基因親緣性關(guān)系分析、氨基酸變異和糖基化位點(diǎn)分析。基于HRSV全基因組序列和11個單個蛋白基因序列構(gòu)建的親緣性關(guān)系分析結(jié)果提示本研究中檢測到的這株HRSVA病毒(RSVAs/Luohe.Henan/CHN/42.17)屬于ON1基因型,該型是我國近年流行的優(yōu)勢基因型。該病毒全基因組序列與35條全球代表株的核苷酸和氨基酸同源性分別為92.69%~99.82%和93.63%~99.67%;G蛋白編碼區(qū)氨基酸變異最高,而F蛋白相對保守。糖基化位點(diǎn)分析發(fā)現(xiàn),該病毒的F蛋白有6個N-糖基化位點(diǎn),未發(fā)現(xiàn)O-糖基化位點(diǎn),此結(jié)果與原型株long株相同;G蛋白N-糖基化位點(diǎn)有6個,O-糖基化位點(diǎn)為82個,而原型株long株有11個N-糖基化位點(diǎn),15個O-糖基化位點(diǎn)。本研究對2017年河南省漯河市SARI病例中一株HRSVA病毒全基因組序列進(jìn)行了測定,與世界其他地區(qū)報道的HRSVA亞型病毒全基因組序列進(jìn)行了對比分析,揭示了SARI病例中我國HRSV優(yōu)勢流行ON1基因型病毒全基因組的核苷酸和氨基酸變異特征,以及G蛋白和F蛋白編碼區(qū)糖基化情況,豐富了我國HRSV基因數(shù)據(jù)庫,也為HRSV的核酸檢測方法的建立、疫苗研發(fā)和預(yù)防性單克隆抗體的評價提供了核苷酸和氨基酸的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
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