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基于基因共表達權重網絡分析乳腺癌亞型關鍵lncRNA

作者:徐琦; 王進 南京大學生命科學學院; 江蘇210046

摘要:目的通過基因共表達權重網絡分析(WGCNA)探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)與乳腺癌的不同亞型性狀及發(fā)病機制的關系。方法收集GEO數據庫50個樣本中不同乳腺癌亞型的轉錄組數據,以14 032個lncRNA的表達模式為基礎,用WGCNA分析共表達的lncRNA構建聚類模塊,并與乳腺癌亞型進行相關性分析。同時將各模塊中關鍵lncRNA與18 904個蛋白編碼基因做相關性分析,隨后通路富集分析研究其功能。結果共檢測到15個lncRNA模塊,其中9個模塊與乳腺癌的各亞型高度相關。預測到的關鍵lncRNA基因ADARB2-AS1,已有驗證與乳腺癌HER2陽性亞型高度相關。通過聯(lián)系基因表達矩陣,獲得由關鍵lncRNA和mRNA構成的乳腺癌基因調控核心網絡;被調控的基因富集于93個GO功能注釋上。結論利用WGCNA方法,通過計算不同組織中的基因表達矩陣,鑒定有生物學意義的基因模塊,可進一步驗證lncRNA與乳腺癌的亞型特異性有關,有助于揭示乳腺癌相關受體以及各亞型產生的遺傳機制。

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