江西科學技術出版社于2003年12月被、團中央、新聞出版總署等14個部委評為“全國文化科技衛(wèi)生‘三下鄉(xiāng)’先進集體”，2004年2月被新聞出版總署評為“全國服務‘三農(nóng)’圖書出版發(fā)行工作先進單位”，2010年12月被、文化部、廣電總局、新聞出版總署評為“全國服務農(nóng)民服務基層文化建設先進集體”，2006年、2008年、2009年、2011年被中共江西省委員會評為第三屆（2004—2005年度）、第四屆（2006—2007年度）、第五屆（2008年度）、第七屆（2010年度）“省直機關文明單位”，2008年被江西省直屬機關工作委員會評為“2006—2007年度工會工作先進單位”，2010年被評為“江西省直屬機關2008-2009年度工會工作先進單位”。江西科學技術出版社溫青同志于2006年被人事部、新聞出版總署評為“全國新聞出版系統(tǒng)先進工作者”。

江西科學技術出版社年出書500多種，榮獲省部級以上獎勵500多種（次）。如《吳有訓文集》獲得首屆中國出版政府獎（圖書獎）提名獎、《阻擊死亡——江西省抗擊“非典”紀實》獲得第六屆國家圖書獎特別獎、《中國彩印二千年》獲得第三屆中華優(yōu)秀出版物獎圖書提名獎、《中國農(nóng)業(yè)考古圖錄》獲得第九屆中國圖書獎、《中國籠鳥》獲得第十一屆中國圖書獎、《中國古代農(nóng)業(yè)文明史》被列入第一期“三個一百”原創(chuàng)出版工程科學技術類圖書正式名單等。2004年以來，江西科學技術出版社圖書版權(quán)輸出達100余種，被國家版權(quán)局評為“2006年全國圖書版權(quán)輸出先進出版單位”。

江西科學技術出版社主辦的《農(nóng)村百事通》期刊連續(xù)三屆榮獲國家期刊獎以及第二屆中國出版政府獎先進出版單位獎，2006年被新聞出版總署評為“全國新聞出版行業(yè)服務社會主義新農(nóng)村建設出版發(fā)行先進集體”，2009年被中國出版科學研究所、中國期刊協(xié)會評為“新中國60年有影響力的期刊”，2011年被江西省新聞出版局評為首批“江西省名刊建設工程”入選期刊和首批“百萬期刊建設工程”入選期刊，2008年被新聞出版總署列入農(nóng)家書屋必備期刊，是我省入選的唯一一種出版物，被譽為我國農(nóng)業(yè)科普期刊的一面旗幟?！掇r(nóng)村百事通》、《家庭百事通》、《知識窗》均榮獲華東地區(qū)優(yōu)秀期刊獎，第二屆、第三屆江西省期刊獎，實現(xiàn)江西科學技術出版社全部期刊獲獎“滿堂紅”。