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自噬標(biāo)志分子ATG8同源蛋白的生物信息

作者:倪志華; 劉阿顯; 楊會然; 樊瑞陽; 李寶庫 河北大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院; 保定071002; 河北大學(xué)藥學(xué)院; 保定071002; 河北省生物工程技術(shù)研究中心; 保定071002

摘要:自噬是細(xì)胞重要的代謝途徑,ATG8在自噬體形成過程中起著重要的作用。對ATG8蛋白進(jìn)行生物信息學(xué)分析研究十分必要。本研究以NCBI中人ATG8同源蛋白序列數(shù)據(jù)為研究材料,分析其與10種模式生物間基因拷貝數(shù)、氨基酸序列、蛋白質(zhì)保守位點(diǎn)相關(guān)性。結(jié)果表明,人6種ATG8同源蛋白分別定位于5條染色體上,均有泛素樣GABARAP結(jié)構(gòu)域。并且,所有模式生物的ATG8同源蛋白中N-端氨基酸序列保守性強(qiáng)于C-端序列。本研究構(gòu)建的ATG8同源蛋白系統(tǒng)發(fā)育樹顯示,人的ATG8同源蛋白與脊椎動物(斑馬魚,爪蟾,小鼠,大鼠,牛)的ATG8蛋白親緣關(guān)系更近,人的GABARAPs與酵母的ATG8蛋白與的親緣關(guān)系較近。本研究為研究細(xì)胞自噬過程及機(jī)制提供了豐富的生物進(jìn)化和生物信息數(shù)據(jù)支持。

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基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)

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