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蛋白質(zhì)殘基接觸圖預測

作者:於東軍; 李陽 南京理工大學計算機科學與工程學院; 江蘇南京210094

摘要:蛋白質(zhì)是由多個氨基酸組成的長鏈,是生物體的必要組成成分,參與了生命活動的每一個進程。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)決定了許多蛋白質(zhì)的功能,準確預測蛋白質(zhì)中氨基酸殘基接觸對于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測具有重要意義,蛋白質(zhì)殘基接觸問題已經(jīng)成為當前生物信息領(lǐng)域的熱點問題。該文首先給出了蛋白質(zhì)殘基接觸圖預測的相關(guān)背景知識及其重要意義;其次,總結(jié)了當前國內(nèi)外研究的主流方法,包括基于局部相關(guān)性的方法、直接麵合分析法與其后處理的方法、以及基于有監(jiān)督機器學習的方法,并對其中的代表性方法進行了闡述;結(jié)合國際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測競賽(Criticalassessment of protein structure prediction,CASP)的結(jié)果對現(xiàn)有模型的性能做了對比和分析;在此基礎(chǔ)上,探討了殘基接觸圖預測在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能建模中的應(yīng)用;最后,針對蛋白質(zhì)接觸圖預測中存在的若干難點問題,給出了有望取得突破的若干研究方向。

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南京理工大學學報

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