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Cel48F產(chǎn)物排出過程中酶-底物相互作用及關鍵殘基的分子動力學模擬

作者:劉天志; 董瑩; 鄂鏡雯; 韓菲; 李卓; 張浩 盛實百草藥業(yè)有限公司; 天津300000; 吉林大學理論化學研究所; 吉林長春130061; 吉林大學白求恩制藥廠; 吉林長春130012

摘要:使用分子動力學模擬方法,通過對比產(chǎn)物在不同結合位置時的構象和對其相互作用的統(tǒng)計學分析,研究了Cel48F水解前后及產(chǎn)物排出過程中酶與產(chǎn)物間相互作用的變化,揭示了一些關鍵殘基及其作用.結果表明,在底物剛發(fā)生水解后,產(chǎn)物主要在Glu 44和Trp 611輔助下向出口移動一個小的距離,使其遠離剩余底物和關鍵催化殘基,防止逆反應發(fā)生,在繼續(xù)向出口移動過程中,在產(chǎn)物結合裂縫上方的殘基Trp 411的疏水相互作用下,內側糖單元向上方移動并與Trp 411相鄰的Thr 410形成氫鍵,而外側糖單元在Asp 494作用下移動很小,使產(chǎn)物在裂縫中轉動,有利于外界水分子進入并包裹產(chǎn)物,最終實現(xiàn)產(chǎn)物排出.

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沈陽大學學報·自然科學版

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