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應(yīng)用基因本體數(shù)據(jù)庫分析中波紫外線對HaCaT細(xì)胞microRNA表達(dá)的影響

作者:楊玲; 許速; 胡中華 解放軍昆明總醫(yī)院皮膚科; 650032; 解放軍昆明總醫(yī)院腫瘤科

摘要:目的應(yīng)用基因本體(GO)數(shù)據(jù)庫分析中波紫外線(UVB)對人永生化角質(zhì)形成細(xì)胞(Ha Ca T細(xì)胞)micro RNA(mi RNA)表達(dá)的影響。方法 Ha Ca T細(xì)胞根據(jù)UVB強(qiáng)度(100m J/cm^2、200 mJ/cm^2、400 mJ/cm^2)及輻照時(shí)間(12~24 h)的不同組合,完成7張mi RNA芯片[(對照、100 mJ/cm^2(12 h)、100 mJ/cm^2(24 h)、 200 mJ/cm^2(12 h)、200 mJ/cm^2(24 h)、400 mJ/cm^2(12 h)、400 mJ/cm^2(24 h)]的制作及掃描,篩選差異表達(dá)的mi RNAs,采用Target Scan進(jìn)行靶基因預(yù)測,并對其進(jìn)行基于GO數(shù)據(jù)庫的功能富集分析。結(jié)果不同強(qiáng)度UVB輻照HaCaT細(xì)胞后均出現(xiàn)差異miRNA表達(dá),其中400 mJ/cm^2 UVB處理組的miRNA差異表達(dá)最為明顯,根據(jù)差異倍數(shù)(fc)篩選9個(gè)miRNAs擬進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)研究,分別為上調(diào)表達(dá)的miR-8063、miR-1273f、miR-4497、miR-4778-5p、miR-6510-5p和下調(diào)表達(dá)的miR-1973、miR-5100、miR-205-3p、miR-4485-3p。靶基因預(yù)測及GO富集分析發(fā)現(xiàn)部分靶基因功能涉及T淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒作用、T淋巴細(xì)胞耐受、B淋巴細(xì)胞分化、自然殺傷細(xì)胞增生、樹突細(xì)胞抗原處理提呈、免疫球蛋白產(chǎn)生以及中性粒細(xì)胞穩(wěn)態(tài)等方面。結(jié)論 UVB作用HaCaT細(xì)胞后存在差異表達(dá)miRNAs,其靶基因功能與體液免疫和細(xì)胞免疫相關(guān)。

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