摘要：蒙古野驢是生活在亞洲中部荒漠、半荒漠和荒漠草原重要的珍稀有蹄類動(dòng)物。采用PCR和測(cè)序技術(shù)，我們成功測(cè)定新疆卡拉麥里山有蹄類自然保護(hù)區(qū)日常監(jiān)測(cè)時(shí)獲得的26匹蒙古野驢（Equus hemionus）樣本的mtDNA D-loop區(qū)核酸序列，對(duì)蒙古野驢的遺傳多樣性及其系統(tǒng)發(fā)育地位進(jìn)行了初步研究。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)該區(qū)域蒙古野驢核苷酸多樣性較高（π=0.20392±0.05230），單倍型多樣性與其他馬科動(dòng)物大致相同（Hd=0.982±0.020）。表明新疆卡拉麥里有蹄類自然保護(hù)區(qū)蒙古野驢的遺傳多樣性十分豐富。Tajima s D值為負(fù)，中性檢驗(yàn)不顯著（P>0.10），表明新疆卡拉麥里山有蹄類自然保護(hù)區(qū)的蒙古野驢在整體水平上并未出現(xiàn)過(guò)瓶頸效應(yīng)或者快速擴(kuò)張等歷史事件。采用鄰接法（NJ）和最大似然法（ML）構(gòu)建單倍型之間的進(jìn)化樹，結(jié)合Network構(gòu)建的單倍型間網(wǎng)絡(luò)圖顯示2個(gè)重要分支。我們通過(guò)歷史分布及地理位置推測(cè)卡拉麥里山有蹄類自然保護(hù)區(qū)的蒙古野驢可能存在外來(lái)種群的遷入。將本研究得到的蒙古野驢序列與GenBank檢索獲得的另外7種馬科動(dòng)物的mtDNA D-loop區(qū)基因進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)馬科動(dòng)物分化過(guò)程中平原斑馬出現(xiàn)最早，山斑馬首先分離出來(lái)，然后是蒙古野驢、藏野驢、努比亞野驢、細(xì)紋斑馬，最后是普氏野馬與非洲野馬，其中與蒙古野驢最接近的物種是藏野驢。