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葡萄Trihelix轉錄因子家族生物信息及其基因表達分析

作者:盧世雄; 王萍; 何紅紅; 梁國平; 馬宗桓; 喬亞麗; 吳玉霞; 陳佰鴻; 毛娟 甘肅農業(yè)大學園藝學院; 蘭州730070

摘要:利用生物信息學分析、預測葡萄Trihelix轉錄因子家族基因的特性與功能,為葡萄抗逆基因的挖掘和利用提供理論依據。以‘紅地球’葡萄(Vitis vinifera)試管苗為試驗材料,對葡萄Trihelix轉錄因子家族進行理化性質、染色體定位、二級結構預測、亞細胞定位、基因結構分析、motif以及基因芯片表達分析,并利用qRT-PCR技術分析該家族基因在400 mmol·L^-1 NaCl、100 mmol·L^-1 ABA和10%PEG逆境下的表達情況。結果表明,該轉錄因子家族在葡萄基因組中總共有27個成員,分布于11條染色體上,其中有10個成員集中分布在第14號和17號染色體上;氨基酸殘基為175~880個,大多數具有疏水性。亞細胞定位分析表明,該基因家族主要存在于細胞核中。結構域分析顯示,同一亞家族蛋白保守域結構高度相似。基因芯片表達結果顯示,非生物脅迫下,葉片中VvTrihelix6在PEG處理24 h后與對照相比呈顯著上調趨勢,當用NaCl處理4h和24h后,與葉片對照相比有下調表達趨勢;用ABA處理果實3d后,該基因在果實中呈下調表達,處理10d后變化不明顯。葉片中VvTrihelix19轉錄因子經PEG、NaCl和冷脅迫處理24 h后明顯下調;果實用ABA處理3 d和10 d后均有明顯下調趨勢。qRT-PCR分析表明該轉錄因子家族所有基因對逆境脅迫具有響應作用,但是,不同成員在不同逆境脅迫下的響應程度存在一定的差異。轉錄因子VvTrihelix6在400 mmol·L^-1 NaCl和100 mmol·L^-1 ABA處理下表達量極顯著高于對照,分別是對照的15倍和8倍;VvTrihelix19只在10%PEG脅迫處理后呈顯著上調表達。

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