摘要：GRL02031是人體免疫缺陷病毒（HIV-1）天冬氨酸蛋白酶的抑制劑，是潛在的治療艾滋病藥物，HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25＇的質(zhì)子化狀態(tài)對于理解HIV-1 蛋白酶和抑制劑的作用機(jī)制以及氨基酸變異對抗藥性的影響有重要意義。本文對Protease-GRL02031（PR-031）復(fù)合物的最可能的四種質(zhì)子化狀態(tài)進(jìn)行了5ns分子動(dòng)力學(xué)模擬，分析了Asp25/Asp25＇不同的質(zhì)子化狀態(tài)對動(dòng)力學(xué)特征和作用機(jī)制的影響，用MM-PBSA的方法計(jì)算了PR-031復(fù)合物在各種質(zhì)子化狀態(tài)下的結(jié)合自由能，同時(shí)對作為PR-031作用橋梁的水分子與PR-031復(fù)合物形成氫鍵的分析，表明水分子在ASP25質(zhì)子化狀態(tài)下最為穩(wěn)定。結(jié)果顯示A鏈ASP25中OD2質(zhì)子化更有利于蛋白酶與抑制劑GRL- 02031的結(jié)合，是最可能的質(zhì)子化狀態(tài)。這對更高效的抗變異藥物的設(shè)計(jì)提供了理論上的指導(dǎo)。