黃條鰤線粒體全基因組測序及結(jié)構(gòu)特征分析
作者：史寶; 柳學(xué)周; 劉永山; 張言祥; 高全義; 徐永江; 王濱; 姜燕; 宋雪松 青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室海洋漁業(yè)科學(xué)與食物產(chǎn)出過程功能實(shí)驗(yàn)室; 中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所; 山東青島266071; 上海海洋大學(xué)水產(chǎn)與生命學(xué)院; 上海201306; 大連富谷水產(chǎn)有限公司; 遼寧大連116400
摘要：通過二代測序、軟件拼接獲得中國黃海海域黃條鰤(Seriola aureovittata)線粒體基因組全序列。其序列全長為16609 bp,堿基組成分別為A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%);共有13條蛋白編碼基因, 22個(gè)tRNA基因, 2個(gè)rRNA 基因,除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS、trnE、trnP外,其余基因均在H鏈上編碼。黃條鰤線粒體基因組全序列與蛋白編碼基因的A+T含量分別為52.05%和51.085%,具有明顯的AT偏好性。線粒體基因中存在2個(gè)散在重復(fù)序列,分別位于NAD1基因序列正義鏈的中游和COX2基因序列反義鏈的上游。在其22個(gè)tRNA基因中,除了tRNAGly外,均具有典型的三葉草二級結(jié)構(gòu)。黃條鰤線粒體基因組的蛋白編碼基因起止位點(diǎn)與密碼子除COX1、NAD5外,均與日本海域出產(chǎn)的黃條鰤(Seriola lalandi)完全吻合,且COX1、NAD5基因皆短于日本黃條鰤;兩者間存在一定的遺傳差異?；?8種隸屬于13屬的鲹科魚類線粒體基因組全序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹,可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黃條鰤、五條鰤(Seriola quinqueradiata)、高體鰤(Seriola dumerili)、長鰭鰤(Seriola rivoliana)同屬一近支,且黃條鰤與五條鰤親緣關(guān)系最近,與小甘鲹進(jìn)化距離較遠(yuǎn)。
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