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小鼠后肢特異表達(dá)基因的篩選及驗(yàn)證

作者:王茂春; 段維旺; 李凱; 周宇荀; 肖君華 東華大學(xué)生物研究所; 上海201620

摘要:目的對(duì)比小鼠前后肢基因表達(dá)譜的變化,篩選小鼠后肢特異表達(dá)的基因。方法通過(guò)NCBIGEO數(shù)據(jù)庫(kù)查找小鼠前后肢基因表達(dá)芯片,使用Transcriptome Analysis Console軟件對(duì)原始數(shù)據(jù)(5個(gè)前肢E10.5d芯片及4個(gè)后肢E10.5d芯片)進(jìn)行質(zhì)控,利用差異倍數(shù)為2倍以上或0.5倍以下及P值小于0.05進(jìn)行數(shù)據(jù)過(guò)濾,繪制差異表達(dá)基因的火山圖,并進(jìn)行聚類分析,構(gòu)建后肢特異表達(dá)基因的相互作用分子網(wǎng)絡(luò)圖。結(jié)果小鼠胚胎E10.5d后肢相較于前肢的差異表達(dá)的基因共有275個(gè),其中上調(diào)的基因45個(gè),下調(diào)的基因230個(gè),構(gòu)建了后肢特異表達(dá)的差異基因分子網(wǎng)絡(luò)圖,找到后肢特異表達(dá)核心基因,使用qPCR檢測(cè)部分后肢特異表達(dá)的基因,結(jié)果與芯片結(jié)果一致。結(jié)論應(yīng)用小鼠表達(dá)譜芯片成功篩選出后肢特異表達(dá)的基因,為哺乳動(dòng)物肢體發(fā)育的研究提供基礎(chǔ)。

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