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結(jié)直腸癌組織表達(dá)譜芯片的生物信息學(xué)分析

作者:何佳; 管忠安; 潘力 武漢市第八醫(yī)院痔二科; 湖北武漢430010; 山東中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院肛腸科; 山東濟(jì)南250014

摘要:目的:探究結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制,并尋找結(jié)直腸癌早期診斷及預(yù)后的生物標(biāo)志物。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫中選取結(jié)直腸癌表達(dá)譜芯片,利用R語言中l(wèi)imma函數(shù)進(jìn)行差異表達(dá)分析,獲取差異表達(dá)基因,使用DAVID6.7將差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG信號通路分析,使用GEPIA在線工具查看差異基因在TCGA-COAD樣本中的表達(dá)并繪制Kaplan-Meier生存曲線(OS)。結(jié)果:在3個表達(dá)譜芯片的差異表達(dá)分析結(jié)果中,有148個相同基因,提示這些基因與結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展具有密切關(guān)系,KEGG信號通路分析顯示,結(jié)直腸癌組織相比正常組織在氮代謝、醛固酮調(diào)節(jié)鈉重吸收等信號通路有較為顯著的改變,GEPIA在線工具分析顯示SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1這4個基因在TCGA-COAD中均為高表達(dá),且SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1分別高表達(dá)的結(jié)腸癌患者生存時間相較于低表達(dá)的結(jié)腸癌患者明顯縮短。結(jié)論:氮代謝、醛固酮調(diào)節(jié)鈉重吸收等信號通路的改變是結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展的重要分子機(jī)制,SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1等基因可作為結(jié)直腸癌患者預(yù)后評估的標(biāo)志物。

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